Analiza statystyczna (cz. 2) - obliczanie ryzyka względnego za pomocą R
W poprzednim artykule omawialiÅ›my ryzyko wzglÄ™dne, które jest wygodnÄ… wielkoÅ›ciÄ… stosowanÄ… w statystyce medycznej informujÄ…cÄ… w jaki sposób czynnik ryzyka wpÅ‚ywa na szeroko pojmowane wystÄ…pienie zmian patologicznych. W sieci znajdziemy bogate oprogramowanie online pozwalajÄ…ce liczyć interesujÄ…ce relacje np. relativeriskcalculatordostÄ™pny pod adresem:
https://www.medcalc.org/calc/relative_risk.php.
Jednak najczęściej istnieje potrzeba obliczenia szeregu wielkoÅ›ci stosowanych w badaniach klinicznych, czy medycznej analizie statystycznej - wtedy z pomocÄ… przychodzi Å›rodowisko programistyczno-obliczeniowe R. Sam program R nie dysponuje wbudowanymi funkcjami pozwalajÄ…cymi na przeprowadzanie różnorakich klinicznych testów statystycznych: należy Å›ciÄ…gnąć odpowiedni pakiet, w tym przypadku najlepszym wyborem jest epitools.
I. Szacowanie ryzyka wzglÄ™dnego bez użycia pakietów.
1. Należy utworzyć macierz danych. W przypadku szpiczaka mnogiego i promieniowania kod będzie następujący:
Proba<- matrix(c(130, 1870, 70, 8000), nrow = 2)
2. Aby kod był przejrzysty- warto nadać nazwy wierszom i kolumnom:
dimnames(Proba) <- list("Grupa" = c("Myelomamultiplex","Kontrolna"), "MI" = c("Nar.naprom.","Nie nar. na prom."))
Grupa Nar.na prom. Nie nar. na prom. Myelomamultiplex 130 70 Kontrolna 1870 8000
3. Kolejnym krokiem jest utworzenie tabeli procentowej (np. 130 przypadków szpiczaka dla 200 obserwcji ogóÅ‚em stanowi 65% -> 0,65):
prob.nazw<- prop.table(Proba, margin = 1) Grupa Nar.na prom. Nie nar. na prom. Myelomamultiplex 0.650000 0.350000 Kontrolna 0.189463 0.810537
4. Ostatnim z kroków pozwalajÄ…cych ocenić ryzykow wzglÄ™dne jest zastosowanie poniższej procedury:
ryzyko.wg<- prob.nazw[1,1]/prob.nazw[2,1] 3.430749
II. Ocena ryzyka względnego za pomocą pakietu epitools:
1. Instalacja i uruchomienie pakietu epitools
>install.packages("epitools") >library("epitools")
W tym przypadku rozważane będą inne dane
2. Utworzenie macierzy danych:
dane <- matrix(c(4,16,40,168),byrow=TRUE,nrow=2)
3. Wywołanie instrukcji epitab(dane_badane,metoda):
epitab (dane,method="riskratio")
4. Wynik:
## $dane ## Outcome ## Predictor Disease1 p0 Disease2 p1 riskratio lower upper ## Exposed1 4 0.2000000 16 0.8000000 1.000000 NA NA ## Exposed2 40 0.1923077 168 0.8076923 1.009615 0.8030206 1.269361 ## Outcome ## Predictor p.value ## Exposed1 NA ## Exposed2 1
RR odczytujemy z kolumny riskratio (1.009615).
Dodatkowo można oliczyć logarytm z RR:
RR <- prob.nazw[1,1]/prob.nazw[2,1] log(RR) 1.232779
III. Obliczenie ryzyka względnego w programie MS Excel 2010
MajÄ…c tabelÄ™:
|
Narażony na promieniowanie jonizujące |
Nie narażony na promieniowanie jonizujące |
OgóÅ‚em |
WystÄ…pienie szpiczaka mnogiego (Myelomamultiplex) |
130 |
70 |
200 |
Grupa kontrolna |
1870 |
7930 |
9800 |
|
2000 |
8000 |
1000 |
Należy najpierw przekonwertować ją do postaci procentowej - pytamy np. ile procent zachorowań jest zależne od promieniowania.
Obliczenia przeprowadza się wg następującego wzorca:
X=130*1/200, oraz Y=1870*1/9800
Następnie dzieląc X/Y otrzymujemy ryzyko względne = 3,406.
Czytaj część pierwszą artykułu
Autor opracowania: Jeremiasz Pilarz (BioStat)