Analiza statystyczna (cz. 2) - obliczanie ryzyka względnego za pomocą R
W poprzednim artykule omawialiśmy ryzyko względne, które jest wygodną wielkością stosowaną w statystyce medycznej informującą w jaki sposób czynnik ryzyka wpływa na szeroko pojmowane wystąpienie zmian patologicznych. W sieci znajdziemy bogate oprogramowanie online pozwalające liczyć interesujące relacje np. relativeriskcalculatordostępny pod adresem:
https://www.medcalc.org/calc/relative_risk.php.
Jednak najczęściej istnieje potrzeba obliczenia szeregu wielkości stosowanych w badaniach klinicznych, czy medycznej analizie statystycznej - wtedy z pomocą przychodzi środowisko programistyczno-obliczeniowe R. Sam program R nie dysponuje wbudowanymi funkcjami pozwalającymi na przeprowadzanie różnorakich klinicznych testów statystycznych: należy ściągnąć odpowiedni pakiet, w tym przypadku najlepszym wyborem jest epitools dostępny między innymi na stronie https://cran.r-project.org/web/packages/epitools/index.html warto zaznaczyć, że epitools znajdziemy również w wersji mobilnej (android):
https://play.google.com/store/apps/details?id=com.epi.function
I. Szacowanie ryzyka względnego bez użycia pakietów.
1. Należy utworzyć macierz danych. W przypadku szpiczaka mnogiego i promieniowania kod będzie następujący:
Proba<- matrix(c(130, 1870, 70, 8000), nrow = 2)
2. Aby kod był przejrzysty- warto nadać nazwy wierszom i kolumnom:
dimnames(Proba) <- list("Grupa" = c("Myelomamultiplex","Kontrolna"), "MI" = c("Nar.naprom.","Nie nar. na prom."))
Grupa Nar.na prom. Nie nar. na prom. Myelomamultiplex 130 70 Kontrolna 1870 8000
3. Kolejnym krokiem jest utworzenie tabeli procentowej (np. 130 przypadków szpiczaka dla 200 obserwcji ogółem stanowi 65% -> 0,65):
prob.nazw<- prop.table(Proba, margin = 1) Grupa Nar.na prom. Nie nar. na prom. Myelomamultiplex 0.650000 0.350000 Kontrolna 0.189463 0.810537
4. Ostatnim z kroków pozwalających ocenić ryzykow względne jest zastosowanie poniższej procedury:
ryzyko.wg<- prob.nazw[1,1]/prob.nazw[2,1] 3.430749
II. Ocena ryzyka względnego za pomocą pakietu epitools:
1. Instalacja i uruchomienie pakietu epitools
>install.packages("epitools") >library("epitools")
W tym przypadku rozważane będą inne dane
2. Utworzenie macierzy danych:
dane <- matrix(c(4,16,40,168),byrow=TRUE,nrow=2)
3. Wywołanie instrukcji epitab(dane_badane,metoda):
epitab (dane,method="riskratio")
4. Wynik:
## $dane ## Outcome ## Predictor Disease1 p0 Disease2 p1 riskratio lower upper ## Exposed1 4 0.2000000 16 0.8000000 1.000000 NA NA ## Exposed2 40 0.1923077 168 0.8076923 1.009615 0.8030206 1.269361 ## Outcome ## Predictor p.value ## Exposed1 NA ## Exposed2 1
RR odczytujemy z kolumny riskratio (1.009615).
Dodatkowo można oliczyć logarytm z RR:
RR <- prob.nazw[1,1]/prob.nazw[2,1] log(RR) 1.232779
III. Obliczenie ryzyka względnego w programie MS Excel 2010
Mając tabelę:
|
Narażony na promieniowanie jonizujące |
Nie narażony na promieniowanie jonizujące |
Ogółem |
Wystąpienie szpiczaka mnogiego (Myelomamultiplex) |
130 |
70 |
200 |
Grupa kontrolna |
1870 |
7930 |
9800 |
|
2000 |
8000 |
1000 |
Należy najpierw przekonwertować ją do postaci procentowej - pytamy np. ile procent zachorowań jest zależne od promieniowania.
Obliczenia przeprowadza się wg następującego wzorca:
X=130*1/200, oraz Y=1870*1/9800
Następnie dzieląc X/Y otrzymujemy ryzyko względne = 3,406.
Autor opracowania: Jeremiasz Pilarz (BioStat)
Tagi
statystyka medyczna analizy statystyczne analiza statystyczna statystyka do doktoratuTagi:
program do lekarza statystyka medyczna darmowy program dla fizjoterapeutów statystyka do doktoratu wykresy ilosciowe badania rynku medycznego edm profesjonalne analizy statystyczne oprogramowanie dedykowane Badania marketingowe badania statystyczne program do przychodni elektroniczna dokumentacja medyczna badania rynku oprogramowanie medyczne statystyka przypomnienia sms lekarz przez internet badanie statystyczne firma badawcza opracowania statystyczne program do gabinetów lekarskich badania obserwacyjne analizy danych program do zarządzania placówką medyczną statystyka w pracach naukowych badania rynku i opinii statystyka do prac naukowych rejestracja online analiza danych klinicznych aplikacja do gabinetu Badania satysfakcji pacjentów analizy rynku biostatystyka analizy statystyczne analiza danych poradnia telemedyczna analiza statystyczna Aplikacje dedykowane biostat
