Analiza statystyczna (cz. 2) - obliczanie ryzyka względnego za pomocą R
W poprzednim artykule omawialiśmy ryzyko względne, które jest wygodną wielkością stosowaną w statystyce medycznej informującą w jaki sposób czynnik ryzyka wpływa na szeroko pojmowane wystąpienie zmian patologicznych. W sieci znajdziemy bogate oprogramowanie online pozwalające liczyć interesujące relacje np. relativeriskcalculatordostępny pod adresem:
https://www.medcalc.org/calc/relative_risk.php.
Jednak najczęściej istnieje potrzeba obliczenia szeregu wielkości stosowanych w badaniach klinicznych, czy medycznej analizie statystycznej - wtedy z pomocą przychodzi środowisko programistyczno-obliczeniowe R. Sam program R nie dysponuje wbudowanymi funkcjami pozwalającymi na przeprowadzanie różnorakich klinicznych testów statystycznych: należy ściągnąć odpowiedni pakiet, w tym przypadku najlepszym wyborem jest epitools dostępny między innymi na stronie https://cran.r-project.org/web/packages/epitools/index.html warto zaznaczyć, że epitools znajdziemy również w wersji mobilnej (android):
https://play.google.com/store/apps/details?id=com.epi.function
I. Szacowanie ryzyka względnego bez użycia pakietów.
1. Należy utworzyć macierz danych. W przypadku szpiczaka mnogiego i promieniowania kod będzie następujący:
Proba<- matrix(c(130, 1870, 70, 8000), nrow = 2)
2. Aby kod był przejrzysty- warto nadać nazwy wierszom i kolumnom:
dimnames(Proba) <- list("Grupa" = c("Myelomamultiplex","Kontrolna"), "MI" = c("Nar.naprom.","Nie nar. na prom."))
Grupa Nar.na prom. Nie nar. na prom. Myelomamultiplex 130 70 Kontrolna 1870 8000
3. Kolejnym krokiem jest utworzenie tabeli procentowej (np. 130 przypadków szpiczaka dla 200 obserwcji ogółem stanowi 65% -> 0,65):
prob.nazw<- prop.table(Proba, margin = 1) Grupa Nar.na prom. Nie nar. na prom. Myelomamultiplex 0.650000 0.350000 Kontrolna 0.189463 0.810537
4. Ostatnim z kroków pozwalających ocenić ryzykow względne jest zastosowanie poniższej procedury:
ryzyko.wg<- prob.nazw[1,1]/prob.nazw[2,1] 3.430749
II. Ocena ryzyka względnego za pomocą pakietu epitools:
1. Instalacja i uruchomienie pakietu epitools
>install.packages("epitools") >library("epitools")
W tym przypadku rozważane będą inne dane
2. Utworzenie macierzy danych:
dane <- matrix(c(4,16,40,168),byrow=TRUE,nrow=2)
3. Wywołanie instrukcji epitab(dane_badane,metoda):
epitab (dane,method="riskratio")
4. Wynik:
## $dane ## Outcome ## Predictor Disease1 p0 Disease2 p1 riskratio lower upper ## Exposed1 4 0.2000000 16 0.8000000 1.000000 NA NA ## Exposed2 40 0.1923077 168 0.8076923 1.009615 0.8030206 1.269361 ## Outcome ## Predictor p.value ## Exposed1 NA ## Exposed2 1
RR odczytujemy z kolumny riskratio (1.009615).
Dodatkowo można oliczyć logarytm z RR:
RR <- prob.nazw[1,1]/prob.nazw[2,1] log(RR) 1.232779
III. Obliczenie ryzyka względnego w programie MS Excel 2010
Mając tabelę:
|
Narażony na promieniowanie jonizujące |
Nie narażony na promieniowanie jonizujące |
Ogółem |
Wystąpienie szpiczaka mnogiego (Myelomamultiplex) |
130 |
70 |
200 |
Grupa kontrolna |
1870 |
7930 |
9800 |
|
2000 |
8000 |
1000 |
Należy najpierw przekonwertować ją do postaci procentowej - pytamy np. ile procent zachorowań jest zależne od promieniowania.
Obliczenia przeprowadza się wg następującego wzorca:
X=130*1/200, oraz Y=1870*1/9800
Następnie dzieląc X/Y otrzymujemy ryzyko względne = 3,406.
Autor opracowania: Jeremiasz Pilarz (BioStat)
Tagi
statystyka medyczna analizy statystyczne analiza statystyczna statystyka do doktoratuTagi:
badania rynku profesjonalne analizy statystyczne statystyka do doktoratu analizy danych oprogramowanie medyczne statystyka do prac naukowych badania obserwacyjne analiza statystyczna edm analiza danych Badania marketingowe statystyka elektroniczna dokumentacja medyczna badanie statystyczne program do zarządzania placówką medyczną Badania satysfakcji pacjentów analiza danych klinicznych oprogramowanie dedykowane badania statystyczne statystyka medyczna wykresy ilosciowe darmowy program dla fizjoterapeutów poradnia telemedyczna analizy rynku statystyka w pracach naukowych przypomnienia sms opracowania statystyczne program do gabinetów lekarskich program do przychodni program do lekarza rejestracja online biostat badania rynku i opinii lekarz przez internet biostatystyka Aplikacje dedykowane badania rynku medycznego firma badawcza analizy statystyczne aplikacja do gabinetu
